АТЛАС ПО КОМПЬЮТЕРНОЙ ТОМОГРАММЕ — ПРОИСХОЖДЕНИЕ И УСЛОВИЯ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
=========================================================================

ИСХОДНЫЙ СНИМОК

Коллекция FDG-PET-CT-Lesions (autoPET), The Cancer Imaging Archive (TCIA),
открытая обезличенная версия, лицензия Creative Commons Attribution 4.0 (CC BY 4.0).
Университетская клиника Тюбингена, Германия.

    https://doi.org/10.7937/gkr0-xv29
    https://www.cancerimagingarchive.net/collection/fdg-pet-ct-lesions/

Цитирование данных (требуется лицензией):
    Gatidis S., Kuestner T. (2022). A whole-body FDG-PET/CT dataset with manually
    annotated tumor lesions (FDG-PET-CT-Lesions) [Dataset]. The Cancer Imaging Archive.
    DOI: 10.7937/gkr0-xv29
    Gatidis S. et al. A whole-body FDG-PET/CT dataset with manually annotated tumor
    lesions. Sci Data 9, 601 (2022). DOI: 10.1038/s41597-022-01718-3
    Clark K. et al. The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a
    Public Information Repository. J Digit Imaging 26, 1045–1057 (2013).

Выбран снимок женщины без опухолевых находок (в клинической таблице коллекции —
diagnosis NEGATIVE). Идентификатор субъекта: PETCT_e4e5baf901.

В открытой версии коллекции изображение закрыто чёрным выше основания шеи — так
выполнено обезличивание. Поэтому в атласе нет черепа, головного мозга и шейных
позвонков с первого по шестой: разметка выше седьмого позвонка либо пуста, либо даёт
обрубок в несколько вокселей. Такие обрубки в атлас не включены — структура, попавшая
в поле снимка краем, вводила бы в заблуждение сильнее, чем её отсутствие. По той же
причине нет предплечий, кистей, голеней и стоп: они не вошли в поле снимка.

РАЗМЕТКА

TotalSegmentator (задача total, 117 классов), лицензия Apache 2.0.
    https://github.com/wasserth/TotalSegmentator
    Wasserthal J. et al. TotalSegmentator: Robust Segmentation of 104 Anatomic
    Structures in CT Images. Radiology: Artificial Intelligence (2023).
    DOI: 10.1148/ryai.230024

Разметка выполнена автоматически. Это значит, что отдельные структуры могут быть
очерчены неточно, особенно там, где границы органов на снимке размыты. Проверять
разметку вручную по каждому вокселю мы не могли и об этом говорим прямо.

ЧТО СДЕЛАНО С ДАННЫМИ

  * поверхности построены маршевыми кубами по размеченному объёму, сглажены фильтром
    Тобина и упрощены квадриками; бюджет треугольников задан по типу ткани;
  * координаты переведены из системы RAS в миллиметрах в систему координат атласа:
    метры, ось Y вверх, начало отсчёта — поясничные позвонки;
  * отброшены ложные и неполные метки: «череп» объёмом 0,7 см³ у поднятых рук
    и обрубок шестого шейного позвонка высотой 10 мм на верхней границе охвата;
  * из каждой структуры убраны отдельные крапины вокселей в стороне от неё — они
    не меняют объёма, но втрое раздувают габариты и сдвигают подпись;
  * цвета заданы палитрой атласа;
  * русская и латинская номенклатура, описания функций и клинические заметки
    подготовлены отдельно и лицензией исходных данных не покрываются.

ВАЖНО

Это снимок одного конкретного человека, а не усреднённая норма: размеры, пропорции и
варианты строения — его собственные. Модели предназначены только для учебных целей,
не проходили проверку регулирующих органов и не предназначены для диагностики
или лечения.