ТЕЛО ЖЕНЩИНЫ — ПРОИСХОЖДЕНИЕ МОДЕЛЕЙ И УСЛОВИЯ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ============================================================= Весь раздел построен по данным одного человека — женщины 59 лет из набора Visible Human Female, Национальная медицинская библиотека США. Органы, сосуды и кожа взяты из готовых моделей HuBMAP, сделанных по цветным срезам этого тела; скелет построен нами по её же компьютерной томограмме. Это не сборка из разных людей: пропорции, варианты строения и взаимное положение органов принадлежат ей одной. ИСТОЧНИК ПЕРВЫЙ: ОРГАНЫ, СОСУДЫ, КОЖА Human Reference Atlas (HRA), консорциум HuBMAP, Университет Индианы — «3D Reference Organs». По собственным метаданным набора модели созданы по данным Visible Human. Авторы моделей: Kristen Browne, Heidi Schlehlein и другие участники HuBMAP Human Reference Atlas. https://humanatlas.io/3d-reference-library https://apps.humanatlas.io/hra-api/v1/reference-organs Лицензия: Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Лицензия разрешает использование, изменение и распространение, в том числе в коммерческих целях, при указании авторства, ссылки на лицензию и обозначении внесённых изменений. Всё перечисленное выполнено здесь и в подписи под атласом. ИСТОЧНИК ВТОРОЙ: СКЕЛЕТ Компьютерная томограмма Visible Human Female, набор «normalCT»: 1734 среза по одному миллиметру, пиксель 0,94 мм, съёмка 1993 года, охват от макушки до стоп. https://www.nlm.nih.gov/research/visible/visible_human.html https://data.lhncbc.nlm.nih.gov/public/Visible-Human/Female-Images/ Spitzer V.M., Whitlock D.G. The Visible Human Dataset: the anatomical platform for human simulation. Anat Rec 253(2):49–57 (1998). DOI: 10.1002/(SICI)1097-0185(199804)253:2<49::AID-AR8>3.0.CO;2-9 (эту же работу как источник своих моделей указывает HuBMAP) Условия: с июля 2019 года Национальная медицинская библиотека отменила лицензионное соглашение на эти данные и заменила его общими условиями использования; регистрация не требуется. Набор описан библиотекой как public-domain. https://www.nlm.nih.gov/databases/download/terms_and_conditions.html Разметку снимка выполнил TotalSegmentator (Apache 2.0, Университетская клиника Базеля), задачи «total», «craniofacial_structures» и «headneck_bones_vessels». https://github.com/wasserth/TotalSegmentator Wasserthal J. et al. TotalSegmentator: Robust Segmentation of 104 Anatomic Structures in CT Images. Radiology: Artificial Intelligence (2023). DOI: 10.1148/ryai.230024 Разметка автоматическая и врачом не проверялась. ЧТО СДЕЛАНО С ДАННЫМИ Модели HuBMAP: * вершины сшиты по положению. Часть моделей набора выгружена с плоским затенением — у каждого треугольника свои вершины со своей нормалью, — и упрощение крошило такую сетку в пыль: кожа теряла 97 % площади. Затронуто было 162 модели набора; * повторяющиеся ряды сведены в один объект: малые и большие почечные чашки, почечные пирамиды и сосочки, компактное и губчатое вещество костей таза, пупочные артерии. По отдельности они назывались бы «minor_calyx_L_a» и в указателе были бы мусором; * число треугольников снижено упрощением квадриками, бюджет задан по типу структуры; * модели сведены в один файл на слой и сжаты meshopt. Система координат исходника совпадает с принятой в атласе (метры, ось Y вверх), оси не менялись; начало отсчёта перенесено в центр матки; * цвета заменены палитрой атласа. Скелет по томограмме: * объём собран из 1734 отдельных снимков. Поле зрения по ходу съёмки менялось (250, 370, 440 и 480 мм на неизменных 512 пикселях), поэтому срезы приведены к общему шагу 0,9375 мм; что центр реконструкции при этом один и тот же, взято из заголовков. Проходов стола было два, и между ними тело сдвинуто вбок на 4 мм — сдвиг найден совмещением силуэтов и выправлен; * поверхности построены маршевыми кубами, сглажены фильтром Тобина, упрощены; * из каждой структуры убраны крапины вокселей в стороне от неё: на объёме это доли процента, а габариты они раздували втрое; * скелет совмещён с моделями HuBMAP по костям, которые есть в обоих источниках. Масштаб вышел 1,010 при свободном повороте 1,2° — то есть это действительно один человек и оси сведены верно. Единого переноса не хватило, и это видно по числам: подгонка по тазу, крестцу и грудине сходится с невязкой 5–10 мм, а отложенные в сторону бедренные кости расходятся на 30 мм строго симметрично — на снимке ноги разведены шире, чем при распиле. Зубы расходятся на 17 мм вперёд: шею согнули. Поэтому у туловища, черепа и шеи свой сдвиг, и ни один не поставлен без собственной опоры: туловище — по тазу, крестцу и грудине; череп — по нижнему зубному ряду и проверен по глазным яблокам HuBMAP, которые оказались в глазницах (18 и 20 мм до кости при радиусе глаза 12 мм); подъязычная кость — по хрящам гортани, невязка 2,9 мм. ЧЕГО ИЗ ТОМОГРАММЫ НЕ ВЗЯТО И ПОЧЕМУ * лопатки, ключицы, плечевые кости, предплечья и кисти: на снимке руки лежат вдоль тела (всё тело 47,6 см вширь), а в наборе HuBMAP разведены (одна кожа 96,2 см вширь). Поставить их некуда, и опереться не на что — костей руки в HuBMAP нет; * стопы: ноги на снимке разведены, а разметку костей стопы даёт задача, закрытая отдельной лицензией; * скуловые дуги и шиловидные отростки: разметка даёт от них обрывки по 0,1–0,9 см³ при собственном объёме дуги около 4 см³; * органы: труп замораживали, мягкие ткани сравнялись по плотности (медиана 10 HU вместо обычных 40–60), и автоматическая разметка органов на таком снимке не годится. Органы в разделе взяты из HuBMAP, где они сделаны вручную по цветным срезам. Русская и латинская номенклатура, описания функций и клинические заметки подготовлены отдельно и лицензиями исходных данных не покрываются. Изменённая версия не является оригинальным Human Reference Atlas и не должна выдаваться за него. Модели предназначены только для учебных целей. Они не проходили проверку и одобрение регулирующих органов и не предназначены для диагностики или лечения.